Struktur Organisasi Kecamatan Pesantren berdasarkan Perda No. 8 Tahun 2008 terdiri dari :
Camat Pesantren (Judy Kuntjoro, S.H)
Sekretaris Kecamatan Pesantren (Iswanto, S.E, M.Si)
Ka.Sub Bagian Umum (DIAH EKAWATI S.Sos., M.Sos.)
Ka.Sub Bagian Keuangan (WIWIK RATNAWATI, SE., M.Sos.)
Ka. Pelayanan Umum (WAHYU ARTISAH, SE)
- Choirijah
- Sri Wuryanti
- Andik Puryani
Ka. Pemerintahan (Ferry Boediyanto)
- Choirijah
- Sri Wuryanti
- Andik Puryani
Ka. Trantib Umum dan Kesejahteraan Masyarakat (Andri Irawan)
- Ahmad Nursalim
- Himawan
- Poerwoko
- Sarwoedi
Ka. Ekbang dan Pemberdayaan Masyarakat (Drs. Hariono)